Kada se govori o sistemu rada najviše se misli na sam protok dokumentacije koji može biti u 2 oblika:

1. klijent dostavlja svu dokumentaciju
2. knjigovodstvena agencija dostavlja svu dokumentaciju

Prilikom ugovaranja saradnje, ovaj kriterijum je takođe jedan od bitnijih za finalnu cenu knjigovodstvenih usluga.